Histoire :
L’apparition d’un virus inconnu entraîne la naissance d’enfants appelé Diclonius. Des mutants a deux cornes, isolés et tenus en secret dans un laboratoire haute sécurité. Les chercheurs tentent d’étudier leurs incroyables pouvoirs psychique meurtrier ainsi que leurs force de résistance à la torture.
Mais un jour, une de leurs sujets d’expérience s’échappe du laboratoire et pas n’importe quels cobayes ! La plus forte et la plus sanguinaire de tous, nommer « Lucy ». Son évasion soldée par un massacre a elle toute seule. Néanmoins, en cours de cette tentative, elle sera gravement touchée par une balle de sniper. Elle perd la mémoire, mais arrive quand même a s’échappée du complexe, recueillie ensuite par deux jeunes lycéens, Kota et Yuka. Ils lui donnent un nom très particulier « Nyu » pour la simple raison qu’elle ne sait dire que cela.
L’intrigue continue a se dévoiler entre les changements de personnalité de "Nyu" et le passé macabre de kota qui refait surface. Mais, le calme sera de courte durée. Car, une Unités de Forces Spécial sera envoyée aux trousses de Lucy, la SAT. Ces soldtas, entraînés et nés pour tuer, on pour but de capturer Lucy et de la ramener dans sa cellule, au complexe Kazukawa.
À la suite de plusieures tentatives, ils décident alors de relâcher un Diclonius, n°07, Nana, qui aura elle aussi pour but de repérer et ramener Lucy à "la maison". Mais cette idée s'avéra ensuite mauvaise après l'échec de n°07 car, celle-ci, changea en quelques sorte de "camps", devenant amie avec Lucy.
Ensuite, ce fut alors au tour de n°35, Mariko, fille du professeur Kurama, qui doit se charger de l'élimination de Lucy et Nana. De violent combat s'ensuivirent ensuite mais, les trois Diclonius en sortirent indem. Mariko, partie avec son père qui l'avait enfin retrouvée. Nana, qui était retournée à l'auberge, près de Kouta et Yuka. Lucy, quant à elle, partie éliminer les dernières personnes qui la gênait dans la ville de Kurama...